黄晖研究员自1996年9月在中国科学院南海海洋研究所工作以来，一直从事珊瑚生物学及珊瑚礁生态学研究工作。在其带领下，建立了一支珊瑚生物学与珊瑚礁生态学优秀研究队伍，培养了一大批技术骨干。大力促进了国内该学科发展，积极开展国际合作研究，使我国的珊瑚礁生物生态学研究能够达到国际先进水平。

　　黄晖不畏艰辛亲自潜水开展野外一线科研工作，足迹从福建、广东、广西一直到海南岛沿岸以及西南中沙群岛等我国有珊瑚礁分布区域，掌握了第一手我国珊瑚礁资料，摸清了我国珊瑚礁的现状，发表了一系列专着。

　　十多年来，黄晖围绕全球气候变化与环境压力对我国珊瑚礁生态系统的影响及其响应模式这一关键科学问题开展了深入系统的研究工作，在此领域取得了显着成绩做出了具有国际影响力的工作。提出在我国珊瑚礁人类活动造成的环境压力要远大于全球气候变化影响的论点；针对气候与环境的压力，开展了珊瑚礁的退化机制研究；发现了我国珊瑚礁生态系统对不同环境压力的响应机理不同，呈现两种不同响应模式。

　　面对南海在内的全球范围的珊瑚礁退化，黄晖致力于珊瑚的繁殖生物学和珊瑚礁修复技术及恢复生态学等珊瑚礁恢复机制与修复技术研究，率先在国内成功有性繁育20多种造礁珊瑚，开展了针对珊瑚礁功能生物的野外培育和增殖技术研发，已摸索出一套适合不同珊瑚礁类型恢复的技术方法。该系列技术已申请发明专利20多项其中有10项已授权，部分工作于2013年获得了海洋科学技术奖。分别成功的在三亚、西沙群岛和南沙群岛开展珊瑚礁修复示范，紧密服务于南海岛礁工程，为国家安全贡献力量。

　　黄晖同时还担任濒危水生野生动植物种科学委员会委员，通过对保护类珊瑚物种鉴定，多次协助公安边防与海关等执法部门打击非法捕捞和走私濒危物种犯罪行为，全力保护濒危物种资源。

　　黄晖作为我国珊瑚礁生态学相关研究领域的唯一代表任职相关国际珊瑚礁主要学术机构（全球珊瑚礁监测网 、全球珊瑚礁行动网），撰写《全球珊瑚礁现状报告》等国际权威报告的中国部分；极力关注南海珊瑚礁资源的保护管理，向政府职能部门提出很多切实有效的珊瑚礁保护管理方案和措施。参与编写了中国环境与发展国际合作委员组织的“中国海洋可持续发展的生态环境问题与政策研究”中“全球气候变化（含海平面上升、海洋酸化）对海洋生态环境的影响”专题，参与编写国家三沙生态环境保护规划纲要，成功推动了徐闻国家级珊瑚礁自然保护区成立。

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