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瓣鳃纲的内部构造分为消化系统、呼吸系统、循环系统、排泄器官、神经系统、感觉器官、生殖器官。消化系统包括唇瓣（口的两侧，三角形，收集食物的器官，靠纤毛摆动将食物引入口。外唇瓣、内唇瓣。口：简单的横裂，大多无口腔和口器。食道：紧接口后面，极短，食道壁具纤毛上皮，仅是食物从口到胃的通道。胃：膨大的卵形或梨形袋状物，胃壁无肌肉，有胃楯和晶杆。消化盲囊：肝脏，又称消化腺。葡萄状褐色腺体，包被胃的周围，有输出管与胃相通，消化液中含大量的酶。消化盲囊内的吞噬细胞能吞食食物营细胞内肠：细长的管道，位于胃的腹面，上皮具有纤毛，后接直肠；直肠内常有“肠沟”，内有粘液细胞。 直肠与心脏关系：穿过心室（扇贝），经过心室腹面（蚶），经过心室背面（珍珠贝）。肛门：直肠的末端为肛门，开口于后闭壳肌的后部。呼吸系统主要是鳃，其位于外套腔中，由外套膜内壁延伸而成，起始于外套膜与内脏囊后方，扩展到唇瓣。有4种类型。
循环系统由心脏、血管和血窦组成。心脏有1心室2心耳，位于内脏囊背侧的围心腔，浮离于围心腔液中。心室与心耳有孔相同，有瓣膜相隔。心耳三角形，较薄，由单层上皮构成，外壁常被覆腺质上皮，两心耳有时相通。血管分为动脉和静脉。由心室派出前、后动脉，有瓣膜或动脉球阻止血液倒流；静脉血管（壁极薄）。血窦位于组织间空隙，周围是结缔组织。
排泄器官主要是肾脏（鲍雅氏器官）和围心腔腺（凯伯尔氏器官）。神经系统方面瓣鳃类有3对神经节，胡桃蛤科4对。感觉器官有触手，主要在外套膜边缘，水管口的触手环。触手、感觉上皮都是触觉。嗅检器和外套器主要尝试水流。平衡器位于足部，足神经节附近。表皮内陷而成，内有耳沙或耳石。视觉器有外套眼和色素细胞，位于外套膜和水管口。
瓣鳃纲一般为雌雄异体，生殖腺1对，位于内脏囊两侧表层部的脉状分枝的盲囊式器官。有的伸入足，有的伸入外套膜。生殖腺由滤泡、生殖管和生殖输送管构成。
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