污染

土地使用过度或者管理不良均会威胁珊瑚礁。在过去20年中，过去大量在海岸出现的红树林由于造路、建筑工程、机场海港建筑、隧道建筑等被破坏。这些红树林能够吸收许多从陆地上流失的营养。从陆地上流失的营养在海水中会导致藻类和浮游生物的大量繁殖，形成赤潮。而珊瑚礁则需要营养少的海水，需要充分的阳光。大量的营养流入会破坏其生态系统内部的平衡。海岸湿地的丧失和赤潮是严重影响珊瑚礁所需要的水质的因素。水质差的水似乎也促进珊瑚虫传染病的传播。工业污染物中很常见的铜影响珊瑚虫的生长。

活鱼贸易

由于北美和欧洲对珊瑚礁观赏鱼的需求在印度洋-太平洋地区使用氰化物捕鱼的方法大增。世界上85%的观赏鱼是在这个地区捕取的，几乎所有这些鱼是使用氰化物捕取的。捕鱼人使用氰化物来麻醉鱼，然后可以轻易地捕取它们。使用这个手段捕鱼鱼的死亡率达90%。氰化物对珊瑚礁生态系统的破坏也很大，它杀死珊瑚虫和其他无脊椎动物。同时通过捕走对整个生态系统平衡必须的鱼本身就对珊瑚礁造成了威胁。有时捕鱼人还敲击珊瑚礁来惊吓鱼，让它们从缝隙中逃出来，或者破坏珊瑚礁来捕取藏在缝隙中的鱼。

贫困是促使氰化物捕鱼普及的重要原因。有些地区如菲律宾使用氰化物捕捉活鱼非常普及而且是合法的，而当地40%的人生活在贫困线以下。在这些发展中国家中捕鱼人只有依靠这样的手段才能养活自己和家人。

另一种对珊瑚礁破坏巨大的捕鱼方法是使用炸药捕鱼。捕鱼的人使用一个装有硝酸钾的瓶子。瓶子爆炸时在水下造成一个冲击波，导致鱼鳔破裂。之后鱼浮到水面上。捕鱼的人往往在第一次爆炸后再进行第二次爆炸来捕取被死鱼吸引来的食肉鱼。这个手段不但炸死许多小鱼而且还炸死许多生活在珊瑚礁里的其他生物，甚至于珊瑚礁本身。过去充满珊瑚的地方今天变成一片荒漠，没有一点珊瑚，就更不用说其他生活在珊瑚礁中的生物了。

珊瑚白化

在1998年和2004年的厄尔尼诺现象过程中海水水温超过了一般情况，许多珊瑚礁出现了白化的现象，有些死亡。此后部分离污染源远的地区的珊瑚礁获得恢复。但是也有些学者认为由于全球变暖造成的珊瑚礁的扩展会高于其死亡。有人甚至估计到2100年全球珊瑚礁的面积会比工业革命前增长35%。

关于珊瑚白化的原因以及全球变暖的影响在学术界还有很大的争议。