估计全球60%的珊瑚礁受到人类活动所造成的威胁。尤其在东南亚威胁特别严重，在这里80%的珊瑚礁处于危险状态。

海事保护区

一个越来越广泛被采纳的措施是设立海事保护区。在东南亚和全球其他地区均有引入海事保护区来改善渔业管理和保护生态环境的试图。这些保护区相当于陆地上的自然公园或者野生动物保护区。在这里不允许捕鱼。设立海事保护区即有生态目的，也有社会目的。它旨在使得珊瑚礁得到恢复、维持其美观、增加和保护其生物多样性，以及改善当地人的经济状况。不落实、相互矛盾的见解和财政来源是设立保护区最大的困难。

印度尼西亚有九个海事保护区，总面积41,129km²。一个在一个建立的保护区进行的研究发现要成功地管理这样的一个保护区需要国家、省份和当地居民的共同合作。

自然保护区

徐闻珊瑚礁自然保护区位于广东省雷州半岛的西南部，地处湛江市徐闻县境内，分布在角尾、迈陈、西连的西部海区，北纬20°10′36″—20°27′00″，东经109°50′12″—109°56′24″之间。保护区总面积14378.5公顷。1999年8月，徐闻县人民政府批准建立县级珊瑚礁自然保护区；2002年7月，湛江市人民政府批准升格为市级珊瑚礁自然保护区；2003年6月，广东省人民政府批准升格为省级珊瑚礁自然保护区；2007年4月，国务院批准升格为国家级自然保护区。徐闻珊瑚礁是我国大陆沿岸唯一发育和保存的现代珊瑚岸礁。珊瑚礁区渔业资源丰富，品种多，拥有丰富的经济生物资源。珊瑚礁区面积达10867公顷，其中密集区约6000公顷。目前已发现腔肠动物门（Cnidaria）珊瑚虫纲(Anthozoa)共3目19科82种，其中，软珊瑚目7科27种；群体海葵目1科1属1种；石珊瑚目11科54种，这54种石珊瑚全部为国家Ⅱ级重点保护动物，并列入世界CITES公约《濒危野生动植物种国际贸易公约》。

三亚珊瑚礁国家级自然保护区是1990年9月经国务院批准建立的国家级海洋类型自然保护区之一，位于海南省三亚市南部近岸及海岛四周海域，地理位置为东经　109°20′50″~109°40′30″，北纬18°10′30″~18°15′30″范围内。 

徐闻珊瑚礁自然保护区位于广东省雷州半岛的西南部，地处徐闻县境内，分布在角尾、迈陈、西连的西部海区，北纬20°10′36″—20°27′00″，东经109°50′12″—109°56′24″之间，1999年8月，徐闻县人民政府批准建立县级珊瑚礁自然保护区。珊瑚礁区面积达10867公顷。 

保护组织

许多组织的目的是帮助保护珊瑚礁。比如珊瑚礁联盟是一个由其成员支持的、非营利组织。这个组织通过综合性的生态系统管理、可持续旅游业以及社区合作等手段来保护珊瑚礁的健康。它与当地人合作来分析和解决保护问题、通过教育和训练来改变当地人的看法、提供资源来加强保护的努力、产生可持续旅游业的刺激等等。它的活动范围包括佛罗里达、伯利兹、洪都拉斯、墨西哥、斐济、巴布亚新几内亚和夏威夷。