1842年，达尔文提出的珊瑚礁成因的“沉降说”认为，珊瑚礁的形成经历了三个发育阶段：

首先，在岛屿（尤其是火山岛屿）沿岸形成环绕海岸并与岛屿相连的岸礁；第二阶段，岛屿略微下沉，珊瑚则与沉降速率保持同步向上生长，由于外缘海况条件好，珊瑚礁增长快于内侧，结果珊瑚礁与海岸分开，中间隔以澙湖，形成堡礁；第三阶段,岛屿全部沉降入海，珊瑚仍向上生长，形成环绕澙湖的环礁。这一理论的地质背景是火山岛不断下沉，所以又称为“礁基沉降说”。达尔文还指出，某些环礁可在平坦的沉降台阶上形成，不必经过堡礁阶段；浅滩可直接由珊瑚生长发育成环礁，而无需发生沉降运动。沉降说将珊瑚礁三种主要类型密切联系成一完整的发生系列，获得不少学者的支持。1950～1952年在马绍尔群岛埃尼威托克环礁钻探，分别在1267米和 1405米遇到玄武岩基底。由于珊瑚只能生长在浅水区，可见生长基底曾下沉1000余米。对于大洋环礁来说，沉降说是可信的。

美籍加拿大学者R.A.戴利(1915)则强调冰川控制海平面变化，并对珊瑚礁发育产生影响，提出有关珊瑚礁成因的“冰川控制说”，认为冰期时海面下降100米，使出露的珊瑚死亡，当时水温低，泥沙量大，珊瑚不能生存，已有的岸礁遭毁坏，滩地被削平到冰期时的海面高度。冰期后,海面上升100米，环境适合珊瑚繁衍,它们在冰期时形成的夷平台地上生长，一般是外缘更适合珊瑚繁殖，因而增长快,逐渐形成堡礁和环礁。戴利认为，冰川控制说能更好地说明澙湖所具有的浅而平坦特性。但这一假说难以解释钻探揭露的厚逾千米的珊瑚礁体。

1935年，美国学者J.E.霍夫迈斯特和莱德提出关于环礁成因的“先成海台说”，但只能说明某些小而薄的礁体的成因。1947年，荷兰地质学者P.H.奎年将沉降说和冰川控制说结合考虑，提出“冰期成因沉降说”，认为沉降说是正确的，但冰期海平面下降对珊瑚礁确有侵袭作用，对礁体的表面形态特征有显著影响。由于珊瑚礁的成因是复杂的，要圆满解释所有珊瑚礁的成因，还有待进一步努力。