躯干肌肉在水生种类特化不甚显著。陆生种类的原始分节现象已被破坏，改变为纵行的或斜行的长肌肉群，节制头骨及脊柱运动。腹侧肌肉多成片状并有分层现象，各层肌纤维走向不同。具四肢肌肉。四肢肌肉环绕带骨及肢骨四周分布，因而运动功能大为复杂。鳃肌退化。残留的参与节制吞咽、舌和喉的运动。

图1 蛙肌肉系统（背面观）

图2 蛙肌肉系统（腹面观）