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瓣鳃纲的外部形态可分为贝壳、外套膜、足部三部分。有两片贝壳为双壳类。可分为两侧相等或两侧不等。壳顶为贝壳背面突出的小区（胚壳）。小月面是壳顶前方的小凹陷。盾面是壳顶后方小月面的相对一面。壳耳有前、后耳之分。生长线是壳表面以壳顶为中心的环型线。放射肋是壳顶向腹缘伸出的放射状条纹。
铰合部是两壳的衔接部分。一般有齿，有的没齿，原始种齿多（1、2排），演化种齿少（异形）。韧带是在壳顶后方，铰合部背面黑色具弹性的几丁质，起开壳的作用（外韧带、内韧带）。贝壳的方位判断可通过壳长、壳高、壳宽来判断。
外套膜是左右贝壳内面，体两侧包裹内脏囊的薄膜。背缘于内脏囊背面的上皮组织相连，边缘较厚，背缘和中央部很薄，半透明。有的种类生殖腺伸入外套膜（贻贝，不等蛤）。有的外套膜内面有腺体（胡桃蛤有鳃下腺）。
足部一般左右侧扁斧刃状为斧足类。原始种类足柱状，末端腹面为扁平的足底。演化的种类先端腹面呈斧刃状或龙骨状，无足底。附着种类足退化，有足丝。固着种类足完全退化消失。足肌4对：前缩足肌、前伸足肌、后缩足肌和举足肌。足丝由足丝腺分泌，遇水变硬成贝壳素丝状物集合而成足丝。
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